R & \(\LaTeX\) sont des langages de programmation (au sens large). Pour écrire des documents dans ces langages on peut simplement utiliser le terminal (du moins pour R) mais on s’en lasse vite : aucune aide, pas de complétion automatique etc. On va donc utiliser un éditeur de de texte intégré (IDE) plus ou moins spécialisé. Voici ma petite sélection personnelle suivi de quelques logiciels tiers toujours utiles.
Tous les éditeurs dont je parle ici possèdent les fonctions de base comme la complétion automatique, la coloration syntaxique, des raccourci-clavier configurables (snippets ou autre) etc. Sauf indication contraire ils sont disponibles pour Windows, Mac & bien sûr Linux. Et pour éviter tout troll si je ne parle pas de Vim c’est que je n’en ai aucune expérience.
Les “gros” IDE comme Eclipse ont des modules pour R ou \(\LaTeX\) mais ne sont pas développés pour. Si vous les utilisez déjà pour du Java par ex. OK, allez y, vous l’avez dans les doigts, profitez-en. Sinon ce n’est pas un bon choix.
R
On oublie RCommander, fournit avec toute distribution R, c’est une catastrophe. Il reste trois solutions :
RStudio
Utilisé par plus de 80 % des utilisateurs réguliers de R & près de 100 % des utilisateurs occasionnels RStudio est un IDE très spécialisé dans R très bien conçu & relativement intuitif. Le support de Quarto est très bien intégré (normal, c’est la même boite qui développe les deux produits). Il est disponible en version gratuite (RStudio Desktop) ou payante (RStudio Pro) pour les entreprises. La version gratuite est largement suffisante pour un usage personnel ou universitaire. Des défauts ? l’éditeur de texte au sens strict est un peu basique en R & franchement simpliste pour du \(\LaTeX\).
Visual Studio Code (VSC)
L’IDE de Microsoft est un outil remarquable pour écrire du R (brut ou Quarto) après un peu de configuration (les tutos pullulent en particulier sur Youtube). La saisie est bien aidée si on a installé les bons packages. Pour ma part j’utilise :
- R
- Quarto
- LaTeX Workshop
- Prettier Mise en forme du code
- GitHub Copilot copilot, indispensable
- GitLens Affichage de l’historique Git
- Error Lens Meilleur affichage des erreurs
- French Language patch
Emacs + ESS 
Bien entendu [Emacs](https://www.gnu.org/software/emacs/) demeure une valeur sûre avec ses qualités (le meilleur éditeur de texte au monde) & ses défauts (il faut réellement des mains de pianiste & six doigts par main !). On utilisera le package ESS (Emacs Speaks Statistics) pour avoir un environnement de travail complet pour R. Je l’utilise quand je travaille longtemps sur un seul fichier.
Mon usage
J’ai vraiment du mal à me décidé. J’utilise RStudio ou Emacs selon mon humeur du jour. Si je dois travailler toute la journée sur un seul fichier (ou presque), je ressort mon Emacs. Pour créer un package je dois avouer que j’apprécie le coté “clickodrome” de RStudio.
Et depuis quelques mois j’ai découvert Copilot, l’IA de GitHub, qui apporte une aide énorme même si tout n’est pas encore parfait (sur RStudio & VSC).
\(\LaTeX\)
Texmaker
Texmaker est très pratique d’emploi avec beaucoup de fonctions ou de symboles directement accessibles d’un clic, des raccourcis-clavier configurables etc. Je le rapprocherai pour sa philosophie de RStudio.
TeXsudio en est très proche.
Emacs + AucTeX
Autant pour R je suis hésitant autant pour \(\LaTeX\) je n’ai aucun doute : Emacs est le meilleur éditeur de texte au mondes surtout couplé à AucTeX (package dédié à \(\LaTeX\) & autres). Mais je dois préciser que je connais des utilisateurs de \(\LaTeX\) autrement plus experts que moi qui utilisent au quotidien Texmaker ou Texstudio.
J’ai entendu dire que l’installation d’Emacs sur Windows est une horreur. Sur Mac il existe Aquamacs qui est un Emacs avec, entre autres, AucTeX pré-installé & très bien intégré dans l’interface MacOS.
Gedit, Kate
Ces éditeurs spécifiques à Linux (Dessinés respectivement pour les bureaux Gnome & KDE) ne m’ont pas convaincu : simplistes, pas d’aides à la saisie sauf configuration perso, je dois avouer ne pas avoir beaucoup pousser mes essais. Mais certains LaTeXiens très pointus les utilisent.
Autres logiciels utiles
Sauvegarde
Je ne le répéterai jamais assez : sauvegardez vos fichiers. En local (disque dur externe, serveur etc.) Et en ligne (Dropbox, Google Drive par ex).
Serveur de version
Même si vous travaillez seul versionner vos travaux vous servira rarement certes, mais ce jour là vous serez bien content de pouvoir revenir avant vos bêtises !
Deux avantages secondaires non négligeables :
- Ça fait une sauvegarde
- La création d’un site web statique est quasiment automatique (comme le site que vous êtes en train de lire ce dont je vous remercie).
Dessin
Même si R est un remarquable grapheur il vous faudra de temps en temps reprendre des dessins.
Dessin vectoriel Un graphique R sauvegradé en pdf peut être repris , corrigé etc. via un logiciel de dessin vectoriel comme Inkscape par ex. Chaque texte, trait en figure est un élément séparé que vous pouvez travailler.
Dessin matriciel Moins indispensable mais pour retravailler une image ou autre…
Autre
- Une suite bureautique & quelques autres logiciels classiques ?
Un simple mail à docphilmstat@gmail.com ou un message sur Twitter & je vous répondrai dans les plus brefs délais.